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16S rDNA文庫構建及細菌群落多樣性分析
   細菌16S rDNA是細菌染色體上編碼16S rRNA的DNA序列,存在于所有細菌染色體基因中,其序列能夠顯示細菌間不同分類等級水平上的特異性,適用于細菌親緣關系的研究,并可作為測量細菌進化和親緣關系的良好工具,同時可以利用可變區序列的差異對不同菌屬、菌種的細菌進行分類鑒定。通過構建細菌16S rDNA文庫、細菌16S rDNA序列的DGGE變性梯度凝膠電泳技術和RFLP限制性片段長度多態性技術均可以對某一特定環境中細菌群落結構和細菌多樣性進行分析。 
細菌16S rDNA文庫構建
   使用PCR方法擴增特定環境樣品中混合細菌16S rDNA,使用TA克隆方法構建細菌16S rDNA文庫,挑選陽性克隆測定細菌16S rDNA部分序列,并與GenBank中已知序列進行同源性比較,獲得特定環境中的細菌群落結構和細菌多樣性信息。 
RFLP限制性片段長度多態性
   RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism,限制片段長度多態性),是用特異性引物對混合微生物群體DNA提取物進行PCR擴增,然后用適當的限制性內切酶對擴增產物進行消化,由于序列的差異,呈現酶切圖譜的 DNA多態性。該方法已被廣泛用于基因組遺傳圖譜構建、基因定位以及生物進化和分類的研究。T-RFLP技術依據細菌16S rRNA基因保守區設計通用引物,以待分析樣品DNA為模板進行PCR擴增,所得到的PCR產物采用特定的的限制性內切酶進行酶切。由于在細菌之間16S rRNA序列中核苷酸序列的差異,酶切后會產生很多不同長度的限制性片段。通過檢測分析這些酶切片段大小即可反應微生物群落組成情況。
服務要求
  1.請提供基因組DNA、經菌種分離后帶有單菌落的新鮮平板或斜面。
  2.基因組DNA的濃度≥10 ng/μl,總體積≥20 μl,且無明顯降解;平板或斜面應長有分離的單菌落。
  3.由于革蘭氏陽性細菌或厭氧菌、放線菌等特殊菌株,請在服務委托書中加以說明。
  4.環境樣品及其中的細菌是否具有致病性和潛在危險,如您對樣品具有一定的致病性或均有潛在的危險,請您提供樣本DNA。
  5.請您提供選哪些方法細菌多樣性進行分析。
服務報告內容
  我們提供給您DNA電泳檢測圖,需測序樣本的測序鋒圖,序列比對結果及完整的結果分析報告。
服務編號
服務項目
內容說明
價格
周期
SGSBD03
細菌16S rDNA菌種鑒定
16S rDNA文庫構建,RFLP等
詢價
5-6周*

*:價格不含DNA提取費用,根據選取多樣性方法,決定具體實驗周期。如果樣品多或者特殊,時間協商。

 

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